2005年6月，国务院批准中国证监会、财政部、中国人民银行发布《证券投资者保护基金管理办法》，同意设立国有独资的中国证券投资者保护基金有限责任公司（简称“投保基金公司”），并批准了公司章程。2005年8月30日，投保基金公司在国家工商总局注册成立，由国务院出资，财政部一次性拨付注册资金63亿元。投保基金公司归口中国证监会管理。
公司主要职责包括：筹集、管理和运作证券投资者保护基金；监控证券市场交易结算资金安全，开展证券市场客户资金数据日常统计与分析；监测证券公司风险，参与证券公司风险处置；按照国家有关政策规定对被处置证券公司的债权人予以偿付；向证券公司提供流动性支持；建设、管理、运行和维护中国证监会12386服务平台；开展投资者保护状况评价与证券市场调查；参与特别代表人诉讼；管理证券期货行政执法当事人承诺金；负责办理举报奖励登记；中国证监会交办的其他业务。
公司内设13个部门，分别为办公室（党委办公室）、纪检办公室、法律事务部（审计部）、财务部、资金监控部、资产管理部、调查评价部、投资者服务部、统计分析部、风险监测部、信息科技部、投资者宣导部、投资者权益维护部。公司下设1个控股子公司，为北京中证保信息科技股份有限公司。