此次改革以后，交易方式细分为盘中做市转让、盘中集合竞价转让、盘后协议转让以及线下特定事项协议转让。
为保证新交易制度顺利实施，验证各方技术系统的部署情况，1月8日，全国股转系统下发《关于开展全国中小企业股份转让系统交易制度改革通关测试的通知》，定于1月13日进行交易制度改革通关测试。在此之前，全国股转系统就交易制度改革进行了第六次全网测试。
在此之前，新三板仅有协议和做市两种转让方式，按照此次发布的《全国中小企业股份转让系统股票转让细则》（简称《转让细则》），新三板交易制度将新增集合竞价转让方式，细分为盘中做市转让、盘中集合竞价转让、盘后协议转让以及线下特定事项协议转让等4种方式。此次测试完成后，1月15日将正式实施新交易规则。
《证券日报》记者了解到，本次新三板交易制度改革的目标是完善市场价格形成机制，为持续改善流动性奠定基础。
修改内容主要包括四个方面：一是引入集合竞价交易制度，原采取协议转让方式的股票盘中交易方式统一调整为集合竞价，同时与分层配套，实施差异化的撮合频次。
二是分类纾解协议转让需求，对于单笔申报数量不低于10万股或转让金额不低于100万元的交易，可以通过交易系统进行协议转让；对于属于特定事项的协议转让需求，可以申请办理特定事项协议转让业务。
三是完善做市转让方式，采取做市转让方式的股票，增加特定条件下的协议转让安排；改革收盘价确定机制，增强价格稳定性。
四是将前期以通知形式规定的申报有效价格范围纳入《转让细则》。
此次改革引入了集合竞价，相较于协议转让，集合竞价能够通过相对较长时间的订单积累汇集较多的买卖订单，以保障充分的价格竞争从而改善市场定价的有效性。相对于连续竞价而言，集合竞价更适合股权相对集中的市场，而且以最大成交量为成交原则，抗操纵性较强，是目前境内外交易所市场通行的一种交易方式。同时，集合竞价符合境内证券投资人的交易习惯，易于理解和掌握。此外，集合竞价的撮合频次可以灵活设置，便于同新三板市场分层后的差异化制度供给相配套。